Genom att surfa vidare godkänner du att vi använder cookies. Jag förstår

Spel-AI för celler

Stamceller I 3D

En AI-baserad teknik för att analysera sociala nätverk har fått betydelse för individanpassad vård och framtidens läkemedel. Det är forskare vid Uppsala universitet som sett möjligheterna med den avancerade bildanalystekniken för att hantera viktig information som andra metoder missar.

– Vi utnyttjar de senaste metoderna inom AI, eller mer specifikt grafbaserade neurala nätverk som utvecklats för att analysera sociala nätverk och anpassar dem för att förstå biologiska mönster och gradvisa variationer i vävnadsprover, säger Carolina Wählby, professor vid institutionen för informationsteknologi vid Uppsala universitet.

– Man kan likna cellerna vid sociala enheter som liksom grupper av individer kan definieras utifrån de aktiviteter de delar inom sina sociala nätverk som till exempel Twitter, sökningar på Google eller val av tv-serier.

Kort om celler

Vävnaden som bygger upp våra organ består av biljoner celler med olika funktion. Alla celler hos en individ har samma gener, DNA, som finns i cellkärnan.

Generna uttrycks genom att molekyler kallade budbärar-RNA med information om vad som ska göras skickas ut från cellkärnan till resten av cellen. Kombinationen av mRNA definierar på så sätt cellens arbetsuppgifter i kroppen.

RNA kan avläsas med hjälp så kallad in situ-sekvensering, där miljontals avlästa mRNA syns som prickar i en mikroskopibild av vävnaden. Det är en svår utmaning att urskilja alla viktiga detaljer.

Källa: Uppsala universitet

Algoritmer ser mer

Forskare vid Uppsala universitet har utvecklat en ny bildanalysmetod för att lära mer om kroppens celler och vävnad. Den avancerade tekniken är baserad på AI-algoritmer som från början togs fram för att förstå sociala nätverk. Metoden kan läsa av enorma mängder information om såväl funktioner inom en enskild cell och interaktioner mellan celler.

Tidigare analysmetoder är beroende av att det redan är känt vilka celltyper som finns i vävnaden och att cellkärnorna i den är identifierade. Det kan också vara svårt att hitta de olika cellkärnorna om till exempel cellerna ligger tätt.

– Med vår analys som vi kallar spage2vec kan vi nu få fram motsvarande resultat utan någon förkunskap om förväntade celltyper och kan dessutom hitta nya celltyper och funktioner inom eller mellan celler i vävnaden, säger Carolina Wählby.

Hjärtats utveckling

Forskargruppen arbetar nu vidare med sin analysmetod genom att undersöka hur olika celltyper uppstår och organiserar sig under hjärtats tidiga utveckling. Det är ren grundforskning som syftar till att öka kunskapen om dessa mekanismer, både när allt fungerar som det ska och vid sjukdom.

Det finns också förhoppningar om att kunna använda analysmetoden för att bättre förstå cancer. Målet är att det på sikt ska kunna leda till bättre behandlingar som anpassas efter varje patient.

Källa: Uppsala universitet

2 november 2020 Reporter anne hammarskjöld digit Foto adobestock

Senaste nytt

Trump startar egen plattform

5 maj 2021

När Donald Trump kastades ut från Twitter och Facebook sades det att han skulle komma tillbaka med en egen sociala mediekanal. Nu lanseras From the Desk of Donald J Trump. I samma veva har Facebook beslutat att ex-presidenten inte får tillbaka sitt konto på plattformen.

Fertilitetsappar följer inte GDPR

5 maj 2021

Graviditetsappar delar information om kvinnornas hälsa och sexliv utan deras medgivande och nu efterlyser forskare från bland annat Umeå universitet en bättre hantering av datan i enlighet med GDPR.

Hemleverans av drönare hyllas

4 maj 2021

För första gången får drönare beröm när privatpersoner svarar på frågor om hur de upplever att leveransen har fungerat när varorna kommer hem till dem med hjälp av en drönare. Det visar en undersökning från USA.

Robot städar huvudstadens gator

4 maj 2021

Roboten Free städar gatorna i Helsingfors under kvällar och nätter. Free ingår i ett pilotprojekt och rör sig i upp till sex kilometer i timmen, och säkerheten ska vara god ska varken kunna köra in i gående eller andra mötande föremål. 

Digital fritidsgård med Vinnova

3 maj 2021

Umeå satsar på en digital fritidsgård för kommunens unga. Tillsammans med startups, som ingår i det Vinnova-finansierade nätverket Ignite Public, hoppas kommunen på en plattform som ska utvecklas i samarbete med ungdomar och fritidsledare.

Facebook ber om IOS-spårning

3 maj 2021

Facebook ber Iphone-användare att aktivera spårning, bland annat för att det sociala mediet ska kunna fortsätta vara gratis. Uppmaningen kommer som en följd av IOS 14.5-uppdateringen där Apple gjorde det svårare för appar att spåra sina användare.