Genom att surfa vidare godkänner du att vi använder cookies. Jag förstår

Forskarnas ovanliga proteinkälla

flicka äter vegetarisk hamburgare.jpg

Svenska forskare på KTH har, tillsammans med ett schweiziskt och ett isländskt spelbolag, gjort det roligare och enklare att klassificera kroppens alla proteiner.

– Jag tror att vi kommer se mer integrering av vetenskapliga uppgifter i etablerade dataspel. Det är ett attraktivt sätt att komma åt och dra nytta av människors hjärnkapacitet, säger Emma Lundberg, lektor vid Cellulär och Klinisk proteomik på KTH, som samtidigt vill framföra ett stort tack till alla medborgarforskare som deltagit för både deras arbete och upptäckter, i ett pressmeddelande.

Syftet med den här typen av medborgarforskning är att klassificera kroppens alla proteiner och förbättra den så kallade annoteringen, det vill säga definieringen och tolkningen, av människans protein.

Proteinerna som har använts i dessa spel är hämtade ur Human Protein Atlas, som är en sorts kartbok över kroppens alla proteiner.

Onlinedataspelare hjälper

Man har bland annat tagit hjälp av spelare i onlinerollspelet EVE Online, i vilket man har lagt till ett uppdrag som är knutet till att peka ut var i cellen proteinerna identifieras. Tillsammans med det schweiziska startupföretaget Massive Multiplayer Online Science och det isländska spelföretaget CCP Games utvecklade man ett spel i spelet som man kallade för Project Discovery och där spelare lyckats generera 33 miljoner klassificeringar av proteinbilder. Detta istället för att forskare själva ska behöva titta igenom alla de miljontals olika klassificeringar som existerar i kroppens totalt 100 miljarder celler.

Samtidigt har man utvecklat en AI som gör utför ett liknande arbete som det som EVE Online-spelarna gör, och det mest övertygande resultatet fann man när man kombinerade de två sätten, då AI:n var bättre på att hitta enklare strukturer, och människor bättre på att hitta mer komplexa strukturer.

Med dessa lyckade resultat i ryggen implementerar nu forskarna ett liknande upplägg i ett nytt spel.

– Vi annonserar Human Protein Atlas 2018 Challenge på Kaggle (en plattform som erbjuder tävlingar inom datavetenskap och maskininlärning) med start 17 september. Det är en öppen bildanalys-utmaning för att klassificera subcellulära proteinmönster i dessa bilder där vinnarna kommer bidra till att hjälpa forskningen inom livsvetenskaperna framåt, säger Emma Lundberg.

Källa: KTH

10 september 2018 Reporter Tim Leffler digit Foto Adobestock

Senaste nytt

Vaccinpass med öppen källkod

6 maj 2021

Öppen källkod kan bli nyckeln till Sveriges vaccinationsbevis som kommer ingå i tjänsten Gröna beviset. Nu hoppas DIGG att ett Hack for Sweden-event kan hjälpa till att hitta lösningar för en svensk e-legitimation.

Trump startar egen plattform

5 maj 2021

När Donald Trump kastades ut från Twitter och Facebook sades det att han skulle komma tillbaka med en egen sociala mediekanal. Nu lanseras From the Desk of Donald J Trump. I samma veva har Facebook beslutat att ex-presidenten inte får tillbaka sitt konto på plattformen.

Fertilitetsappar följer inte GDPR

5 maj 2021

Graviditetsappar delar information om kvinnornas hälsa och sexliv utan deras medgivande och nu efterlyser forskare från bland annat Umeå universitet en bättre hantering av datan i enlighet med GDPR.

Hemleverans av drönare hyllas

4 maj 2021

För första gången får drönare beröm när privatpersoner svarar på frågor om hur de upplever att leveransen har fungerat när varorna kommer hem till dem med hjälp av en drönare. Det visar en undersökning från USA.

Robot städar huvudstadens gator

4 maj 2021

Roboten Free städar gatorna i Helsingfors under kvällar och nätter. Free ingår i ett pilotprojekt och rör sig i upp till sex kilometer i timmen, och säkerheten ska vara god ska varken kunna köra in i gående eller andra mötande föremål. 

Digital fritidsgård med Vinnova

3 maj 2021

Umeå satsar på en digital fritidsgård för kommunens unga. Tillsammans med startups, som ingår i det Vinnova-finansierade nätverket Ignite Public, hoppas kommunen på en plattform som ska utvecklas i samarbete med ungdomar och fritidsledare.